绿色壁垒造成了三方面的负面影响
加入WTO以后，国产果品出口没有像预期中那样大幅增长。据统计，从1998年至2006年，我国果品出口量占总产量的比例分别为1.16%、2.16%、2.22%、2.87%、3.53%、3.72%、4.13%和3.86%.
广东商学院副教授郭威、湖南理工学院讲师黎文龙等专家介绍说，自2003年以来，我国每年有60%以上的水果出口企业遭遇绿色贸易壁垒。它打压了我国果品在国际市场上的生存空间，抬高了出口门槛。
云南农业大学张兴旺教授、黄冈师范学院刘汉成副教授、湖南理工学院讲师黎文龙等专家分析说，目前，绿色壁垒给我国果品出口造成了三方面的负面影响。
第一是制约了水果出口贸易增长。我国有六成出口水果输往欧盟、美国、日本等发达国家和地区以及东盟、韩国等新兴的工业化国家。它们都是WTO贸易与环境委员会成员，更愿意动用绿色贸易壁垒来限制我国水果产品的出口。
例如，美国是广东荔枝出口的主要市场之一，它要求荔枝不能带有活虫、树叶，果柄不能超过10厘米，农药残留不能超过一定限量，必须在1℃的恒温下可连续存放15天。
第二是提高了出口产品的成本，削弱了水果产品的国际竞争力。为了达到绿色环保标准，我国水果企业要支出检验、测试、认证、鉴定和仪器设备购买等相关费用；为了获得国外认可的绿色标志，企业还要支付认证申请费用和使用年费。而发达国家的水果质量评定程序和质量认证制度正日益严格和烦杂。
例如，水果等农产品要进入韩国，我国检疫部门需提供《病虫害发生总目录》，韩方要派专家到中国来实地考察，才能签署两国的检疫协定，中方按正常贸易方式向韩国出口产品。
第三是企业出口风险加大。发达国家近年来经常以保护环境为名采取单边贸易措施，限制来自发展中国家包括我国水果的进口。并且，他们还可以通过区域内自由贸易的形式，以低于区域环境标准为由将区域外的水果包括我国水果排斥在外。
专家认为，我国果品频频遭遇外国绿色贸易壁垒，除了贸易保护主义作祟之外，也暴露出我国果业在生产、流通、加工中的缺陷。
--种植主体分散。我国水果生产绝大多数采用自由分散的种植方式，种植单位往往以户为单位。种植者文化素质高低不一，想法千差万别，加上绿色环保意识差，很多问题随之出现。不同的生产者使用化肥不同、喷洒农药不同、采摘时间不同，水果的外形、大小、成熟度也就不一样。
--标准建设滞后。中国现有104种农药在45种食品中规定了最高残留量共291个指标，而目前国际食品法典对176种农药在375种食品中规定了2439条农药最高残留标准。像我国2005年发布实施的国家标准《食品中农药最大残留限量》（GB 2763-2005）中涉及苹果原农药只有48种，远少于美国、日本和欧盟。国外标准在产品生产阶段就已经开始制定，而我国的标准制定工作却相当落后，周期也长。由于我国的水果出口标准落后于国际标准，国内检验合格的果品，在出口时因为抗生素、农药残留超标而被进口国退回或销毁。
--贮藏保鲜能力不足。水果从预冷、冷藏、保温运输到进入消费市场是一个完整的冷链系统。日本90%以上的水果都经过预冷处理。但中国只有5%.中国10%的果品才能实现冷链运输。中国水果贮藏能力为总产量的20%,且多为简易贮藏，冷藏、气调贮藏只占总贮藏能力的7%,发达国家为100%,且70到80%为气调贮藏。
--政府政策支持力度不够。果品生产周期长，果园前期投入大，风险高，但我国政府目前缺乏具体的扶持果品业发展的优惠政策，财政对加强果园基础设施建设、加快发展果品加工业、改进果品储藏条件等方面的支持力度不够。金融机构没有果品专项贷款指标，果品结构调整过程中减免农业特产税和农业特产税部分返还没有得到落实等问题的存在也制约了我国果品的竞争力。
产业结构调整方能”破壁“
专家建议，我国果品业要有效地突破绿色壁垒，开拓广阔的出口市场，必须采取包括品牌建设、贸易谈判、媒体宣传在内的多方面措施。但提高果品自身质量是根本，而要提高果品质量，产业结构调整是关键。
--建立500公顷至1000公顷的大型出口专用基地。它们可以发挥规模生产效应，通过大规模批量生产降低生产成本，同时方便建立统一的质量监督体系，以及符合国际绿色标准的生产规程，对所有果品的生产实行统一操作，统一标准，有效地保证产品质量，同时也有利于物流运输。
--调整品种结构，大力发展果品加工业。出口品种多元化，就能避免因品种单一、数量大而冲击进口国市场和当地果品业，减少进口国对我出口果品设限的可能性。而把果品加工业作为果品业主导产业，既有利于提高果品出口附加值，也可缓解果品出口对进口国的冲击。当前发展果品加工业的重点是提高产后商品化处理水平和果酒、果酱、果汁等高附加值深加工品的制作水平，要鼓励引进先进的技术和资金，改造我国现有的果品加工企业，提高加工的科技含量。
--推进生产标准化建设。我国应该制订严格标准，从果品品种选择、种植园地选择到果品生产、采收、贮运、加工等各生产环节进行全程监控，避免污染，提高质量，实行绿色果品战略，并随时根据出口地的绿色壁垒设置情况及时调整。政府要对果农进行标准化生产培训，大力普及标准化生产，使绿色生产观念深入人心。
--加强水果采后的商品化处理和现代物流体系建设。我国目前水果市场的果品价格低于国际市场价格4至5成，若能搞好水果产后的商品化处理，将使我国水果不仅有价格优势，而且具备品质竞争力。而发展现代水果物流，则有利于严格按照国际标准规范实行物流全程控制。
--抓紧建立绿色贸易壁垒预警机制。我国水果贸易企业的经营主体是中小型企业，缺乏积极应对绿色壁垒的能力。因此，政府要牵头建立绿色贸易壁垒预警系统。同时我国应该以世贸组织《实施动植物卫生检疫措施协议》为根据，迅速设立我国的绿色贸易壁垒，为我国与世贸组织成员国解决绿色贸易壁垒纠纷提供基础和保障。