食品安全监测与评估是为了防止食品中有害因素对公众健康的危害，系统地收集、分析和评价食品中有毒有害因素数据和食源性疾病监测数据、相关信息的过程。卫生部在2000年就在全国建立起了食品污染物和食源性疾病致病因素监测网，在16个省（区、市）建立了食品污染物监测点，在21个省（区、市）建立了食源性疾病致病因素监测点。
卫生部表示，要在现有食品污染物和食源性疾病致病因素监测网的基础上，通过2009－2010年两年的努力，会同食品安全各相关部门建立起覆盖全国各省、市（地）、县级并逐步延伸到农村地区的食品污染物和食源性疾病监测体系，加强食品安全风险监测数据的收集、报送和管理。监测体系还会逐步将监测范围覆盖到食品生产、流通和消费各个环节，对高风险食品原料、配料和食品添加剂开展主动的动态性监测，并结合本地区食品行业特点和发现的食品安全隐患开展有针对性的监测工作。