建立食品安全可追溯体系
在食品出口之前，加强对企业的注册年审调查。依法对企业开展注册调查是把守出口食品申领原产地证的第一道关。调查人员可以重点调查含进口成分的食品，除审阅资料外，在第一时间前往现场查看，实地调查证书项下各食品的原材料情况，进口成分的比例及加工工序情况，据此判断该食品是否符合有关给惠国的原产地标准。同时，新注册企业往往对原产地业务比较陌生，不甚了解，调查人员应与企业进行沟通，强化企业诚信申报意识，规范企业申报行为。
在食品出口之后，加强建立和完善企业的食品安全可追溯体系。通过可追溯系统的建立，可识别出发生问题的根本原因，实行产品召回或撤销，获得更具可信度的信息，由此有利于食品、饲料链过程的透明化，提高食品安全并增强食品链不同利益方之间的合作和沟通。
鉴于此，我国食品出口企业建立和完善食品安全可追溯体系已经势在必行。企业应完善保存食品出口的相关档案，其中包括各种原料的采购证明（尤为重要的是各进口原料的原产地证书），出口食品的相关文件（应能说明品名、规格、数量、重量、保证、唛头、出厂价格、出运日期和进口国别等）和我国出具的原产地证书等。调查人员应在签证调查中严格要求食品企业建立完善的食品安全可追溯体系，做到来源可控制，产品可追溯。
加强对原产地现场检查核查工作
随着世界经济一体化进程的加快，双边或多边贸易协定大量增加，导致出现了各国对不同国家实施不同的进口关税税率的格局，在货物进口入关时对其查核其原产国，以便征税。在货物出口时对出口产品进行原产地调查，是原产地业务的工作重点和签证依据。对出口食品进行原产地抽查时，调查人员应实地调查核实产品的原材料、辅料来源、成本明细情况及加工工序，目的在于及时发现标错原产地标记或冒用原产地标记的不法行为，以及防止某些不法公司偷换名牌产品，这也是保护消费者的合法权利，防止假冒伪劣和打击非法转口等的需要。也是在国际间协作和共同打击假冒伪劣的国际合作机制的需要。
对出口食品的唛头、包装等情况进行详细的核查，核实唛头、包装有没有违反《中华人民共和国进出口货物原产地条例》之处，可以避免由于包装上错误唛头标记而导致的企业意外损失。
加大食品加工贸易转口贸易的审查力度
近年来，我国农产品加工业快速发展，农产品加工业产值年均增长近15%，加工食品的对外贸易额也年年攀升。很多出口食品中完全原产的产品比例已经逐渐下降，而那些加工食品是否能享受给惠国的普惠制待遇则有待于具体问题具体分析，不能一概而论。应该加大在食品加工贸易、转口贸易中的审查力度，拒绝为那些不符合原产地标准的出口食品签发原产地证书。为了做到这一点，应该做好几方面的工作：
加强对企业产地证申领人员的培训。产地证申办人员应掌握相关的基础知识包括产品专业知识和产地证专业知识，例如原辅料情况、工艺流程、各给惠国方案及制单要求等等。根据《细则》规定，申请单位的手签人员应熟悉各给惠国普惠制实施方案、商品名称和编码及填制普惠制证书的方法，熟悉所经营的出口受惠商品，尤其是含有进口成分的商品的原材料构成情况及加工工序情况。
签证人员要加强自身知识的更新与储备。近年来，随着区域性经济合作的加强，我国开始签发各种区域性优惠原产地证书。由于当今科学技术的发展不平衡，越来越多的货物在生产过程中使用了来自其他国家的原材料、半成品或零部件。我们签证人员不但要掌握各国、各区域性原产地规则，还要熟悉出口签证产品，尤其含有进口成分产品的原料构成和加工工序情况。只有这样，才能确保原产地证书的真实和有效性。
加大对转口贸易产品的原产地审核力度。转口贸易是指非原产货物通过我国进行中转，然后再出口到其他国家。在转口贸易的情况下，由于各国的原产地规则和标准有些差异，产品的真实原产地有可能被掩盖。因此，要加强对这些产品原产地的调查、及贸易单证的审核，及时发现该批货物是否为转口、是否来自疫区等，从而达到为食品安全把关的目的。