根据国家食品药品监督管理局4月14日公布的《保健食品整顿工作实施意见》，整顿主要集中在几个方面：集中进行保健食品的品种清理换证工作。加强保健食品源头把关，严格审评审批，对上市保健食品集中进行整治，对历史遗留品种统一换发批准文号，确保产品安全。
开展保健食品违法添加药物专项检查。对保健食品生产、经营企业集中进行一次全面监督检查，对保健食品中添加药物的行为进行集中打击，情节严重的，将吊销保健食品批准文号。对群众反映强烈、违规添加药物问题严重的减肥类、降糖类保健食品集中开展专项抽验。
开展保健食品标签、说明书内容专项检查。对市场中的保健食品标签标识的保健功能和适用人群等内容进行专项检查，对虚假夸大宣传的保健食品进行整治和查处，直至吊销保健食品的批准文号。据悉，整顿工作将持续到2010年。