该一致性意见得出的结论是：在最近几年全世界范围内，由于抗药型微生物的增加，已经使某些人和动物传染病的治疗变得越来越困难。报告指出，对于抗药型微生物的监控活动应当进一步加强，并且应该开发新型抗微生物的药物和采取新的策略。对于新的控制传染性疾病的方法应当加以研究，例如接种疫苗的方法。
该意见对沙门氏菌和弯曲杆菌（两种在欧盟被报告最多的人畜共患传染病）感染的治疗中产生的细菌抗药性表示了特殊的关注。指出，虽然使用抗生素（包括：消毒剂、抗菌剂和防腐剂）是应对细菌抗药性增加的主要因素，但是其使用也会有助于细菌抗药性的发展。
“细菌抗药性是欧盟目前所面对的最大的公共健康威胁之一。造成细菌抗药性的主要原因在于人类对抗生素的使用。如果继续滥用或过量使用抗生素，那么我将会失去应对严重传染性疾病的方法。”欧盟疾病预防与控制中心（ECDC）关于微生物抗药性的资深专家和分析员Dominique L. Monnet介绍说。
对于人畜共患传染病的抗药性意见，报告着重指出，全球化的食品贸易以及频繁的国与国之间的人员流动，使很难比较来自欧盟各成员国的监控数据，且很难对来自欧盟于外的菌株的特性作出评估。报告中还补充：由于各成员国的微生物耐药性的程度和情况都不同，所以很难制定一个统一的策略来对抗这些威胁。
“细菌的抗药性的增强是由于用于人和动物的药物中的抗生素的暴露量的增加。大多数的人畜共患传染病的抗药型菌株是在用于食用的动物的胃肠道中发现的，尤其是，家禽、猪、和牛。”欧盟食品安全局生物性危害小组（BIOHAZ）的首席专家Dan Collins博士说。
这些微生物引起的食物源性疾病往往是在动物被屠宰或在食物加工过程中被污染的。该意见指出，目前还没有相关数据表明在人类的药物中使用抗生素也会对引起动物传染病的微生物的抗药型产生影响。
这三个欧盟机构和欧盟新型健康风险委员会（SCENIHR）在这个问题上共同努力，分享他们的科学意见，并为欧盟的决策者在相关风险和行动上提供了建议。欧盟药品管理局的兽药及产品数据管理项目负责人David Mackay表示：“此次欧盟不同部门间的成功合作是一个很好的工作范例，对于给人类健康造成很大威胁的微生物抗药性问题的解决有着非常积极的意义。”